農林水産大臣から認可を受けた登録認定機関（第三者認証機関）が生産行程管理者・製造業者・小分け業者・輸入業者を認定し、 認定された生産行程管理者等が自ら格付（当該製品がJAS企画に適合しているかどうかを検査することによって行い、その結果JAS規格に適合していると判定することを言います。）を行い、 有機JASマークを貼付する仕組みとなります。

JASマークが付いていないものには「有機○○」などの表示を付してはならない。

農林水産大臣から認可を受けた登録認定機関(第三者認証機関)が生産行程管理者・製造業者・小分け業者・輸入業者を認定し、認定された生産行程管理者等が自ら格付(当該商品がJAS規格に適合しているかどうかを検査することによって行い、その結果 JAS規格に適合していると判断することをいう)を行い、有機JASマークを貼付する仕組みとなります。

「登録認定機関」とは‥‥ 改正JAS法では、認定の業務を適切に実施し得るものとして、農林水産大臣の登録を受けた法人をいいます。登録認定機関は、製造者からの申請に基づいて、その生産・管理方法等について調査を行い、工場ごとに認定することとしています。

有機食品の小分け業者の認定 有機農産物の流通においては、小分け（箱詰めのものを小袋詰めにすることなど）により包装形態が変化することが考えられますが、この場合には、元の包装、送り状などに付されていた有機JASマークが小分けにより失われることとなるため、小分け後の農産物を有機農産物として流通させるためにな、これに有機JASマークを付け直す必要があります。 このため、改正JAS法においては、有機農産物の小分け作業について適切な管理体制を整備している事業者を登録認定機関が認定し、この認定を受けた小分け業者のみが小分け後の有機JASマークの貼付を行い、「有機」表示することができる仕組みとしています。

有機食品に関する監視体制について JAS法改正においては、有機食品についての有機JASマークが付されていなければ「有機」の表示をしてはならないとの規制が導入されることになりますが、これがきちんと行われているがどうかは、農林水産消費技術センター等が日常的にモニタリングすることになります。 不適正が発見された場合には指導が行われますが、指導を受けても改善が見られない場合には、農林水産大臣による改善命令が出されます。この命令にも従わない場合は、罰則が課せられることとなります。 なお、生産者が認定を受けずに有機JASマークを貼り付けた場合などにも罰則が課せられることとなります。

このマークは、左に太陽、右に雲を図案化したものが重なり合うことで、葉の造形をつくりだしています。化学肥料や農薬に頼らず、自然の力で育った農産物であることを表現しています